1. จากช่องปาก (Oral Cavity) – กลิ่นปาก
เป็น สาเหตุที่พบได้มากที่สุด คือ 80-90 % ของผู้ป่วยที่มีปัญหาเรื่องลมหายใจมีกลิ่นเหม็น สาเหตุเกิดจากก๊าซที่มีส่วนประกอบของซัลเฟอร์ ที่เรียกว่า Volatile sulfur compound (VSCs) ได้แก่ สารจำพวก hydrogen sulfide และ methylmercaptan สารเหล่านี้เกิดจากการย่อยสลายของ methionine และ cysteine โดยจุลชีพในปากลม หายใจเหม็นที่มาจากช่องปาก เกิดจากการสะสมของแบคทีเรียที่บริเวณช่องระหว่างฟัน และ ด้านหลังของโคนลิ้น (อาจจะเกิดจากการที่สารคัดหลั่งจากโพรงจมูก ไหลเข้าสู่คอหอยส่วนปาก จึงเกิดการสะสมขึ้น) โดยเชื้อโรคที่ทำให้เกิดกลิ่นปากส่วนใหญ่ ได้แก่ กลุ่มแบคทีเรียกรัมลบที่ไม่ต้องการอากาศ ที่สำคัญ คือ Porphyromonas gingivalis, Fusobacterum nucleatum, Prevotella intermedia และ เชื้อแบคทีเรียชนิดเกลียว
สภาวะที่ทำให้มีสาร VSCs เพิ่มขึ้น ได้แก่ ภาวะที่คาร์โบไฮเดรตต่ำ ภาวะความเป็นกรด เป็นกลาง หรือ เป็นด่าง และภาวะที่ไม่มีอากาศ
ภาวะเหงือกอักเสบ และ periodontitis สามารถทำให้เกิดกลิ่นปากได้ แต่กลิ่นปากก็สามารถพบได้ในคนที่ไม่เป็นโรคเหล่านี้เช่นเดียวกัน
2. โพรงจมูก (Nasal passages)
เป็นสาเหตุที่พบได้ บ่อยเป็นอันดับสอง คือ 8-10 % ของคนที่ลมหายใจมีกลิ่นเหม็น ลักษณะที่พิเศษ และต่างจากชนิดอื่น คือ ลักษณะที่มีกลิ่นคล้ายเนย (slightly cheesy) โดยกลิ่นจากโรงจมูกนั้น บ่งชี้ว่ามีการติดเชื้อในโพรงจมูก เช่น ไซนัสอักเสบ หรือ อาจจะมีภาวะอุดกั้นของโพรงจมูก เช่น polyps และอาจจะเกิดจากความผิดปกติแบบผิดรูป เช่น โรคเพดานโหว่
ในเด็กเล็กอาจเกิดจากที่เด็กเอาวัตถุแปลกปลอมใส่ในรูจมูก ซึ่งเป็นสาเหตุที่พบได้บ่อย และหนองจากโพรงจมูกมักจะเปื้อนทั่วตัวของเด็ก ทำให้อาจจะมีกลิ่นเหม็นทั่วตัว ทำให้การวินิจฉัยลำบาก
3. ต่อมทอนซิล (Tonsils)
พบเป็นสาเหตุได้ประมาณ 3% เท่านั้น ไม่ใช่สาเหตุหลัก ดังนั้นจึงไม่ควรรักษาโดยการผ่าตัดทอนซิลเพียงแค่ปัญหาเรื่องกลิ่นปากเท่านั้น
ในผู้ป่วยบางคนอาจจะมีหินก้อนเล็กๆจากลิ้น หรือจากต่อมทอนซิล ขณะที่เขาไอและมักจะมีกลิ่นเหม็น จึงทำให้ผู้ป่วยมักจะคิดว่ากลิ่นปากตัวเองเหม็น ซึ่งหินนั้นคือ tonsillolith ซึ่งออกมาจาก crypts of tonsils (ร่องของต่อมทอนซิล) ซึ่งรักษาได้โดยการใช้เลเซอร์ปิดร่องนั้น
4. อื่น ๆ (Others)
อาทิเช่น จากการติดเชื้อที่หลอดลม และปอด ไตวาย ตับวาย โรคมะเร็งต่าง ๆ โรคทางเมตาบอลิก ซึ่งโรคเหล่านี้พบได้น้อยมากในผู้ป่วยที่เดินเข้ามารักษาที่โรงพยาบาล
ตัวอย่างที่สำคัญได้แก่ โรคเบาหวาน ซึ่งมีกลิ่นลมหายใจเหม็นจากสารคีโตน พบเฉพาะในคนที่คุมระดับน้ำตาลได้ไม่ดี และจะไม่มีใครคนที่ระดับน้ำตาลคุมได้ดี
ภาวะลมหายใจมีกลิ่นเหม็นนี้แทบจะไม่พบว่ามาจากหลอดอาหาร กระเพาะอาหาร หรือ ลำไส้เลย เนื่องจากหลอดอาหารในภาวะปกติจะแฟบ อาจจะมีกลิ่นได้ในขณะที่เรอแต่ว่าจะไม่มีกลิ่นเป็นเวลานาน ๆ ดังนั้นการส่องกล้องดูกระเพาอาหาร (gastroscope) จึงไม่ควรทำในคนไข้ที่มีปัญหาเพียงแค่กลิ่นลมหายใจเหม็น
ในผู้ป่วยบางคนพยายามที่จะดับกลิ่นปากของตนเอง โดยการสูบบุหรี่ซึ่งกลับทำให้มีกลิ่นที่ไม่พึงประสงค์จากบุหรี่เองโดยกลิ่น จากการสูบบุหรี่นี้จะยังคงออกมาจากลมหายใจแม้ว่าจะหยุดไปแล้วมากกว่าหนึ่ง วันรวมถึงคนที่ไม่ได้สูบบุหรี่ แต่ว่าอยู่ใกล้กับผู้ที่สูบบุหรี่ด้วย
ผู้ป่วยที่มีปัญหาปากแห้ง (xerostomia) จะมีปัญหากลิ่นปากขณะที่ปากแห้ง ซึ่งคาดว่าจะเกิดจากภาวะเป็นกรด หรืออาจจะส่งผลต่อเชื้อโรคที่อาศัยในช่องปาก
